ESIEE Paris · 6 か月の研究インターンを希望 · 臨床 NLP & 生物医学 AI · 2027 年 2 月から

GPUを起こさずに、 臨床テキストからバイオマーカーを抽出する 。

私は Clément Longeac です。エンティティの種類ごとに、信頼できる最も軽い方法——ルール、transformer、または LLM——を選ぶルーティングフレームワーク DEMNE を開発しています。未見の AP-HP コホートでは、言及の 99.5% を監査可能なルールへ振り分け、F1 は 0.941 に達します。ファインチューニングした transformer は 0.358 にとどまります。

DEMNE routing decision graph: entity metrics route to RULES, TBM or LLM
DEMNE — Rules → Transformer → LLM、ライブ図解

数学の家庭教師から腫瘍マーカーのモデリングへ

私はパリESIEE工科大学の4年生で、データサイエンス・AIを専攻し、学校のTremplin Rechercheコースに在籍しています。これは標準的な企業インターンではなく、博士研究を目指す学生向けのプログラムです。

私の仕事は、非構造化された臨床テキストを研究に活用できるようにすることです。フランス語の腫瘍学レポートに埋もれた生体マーカー、病期情報、治療の詳細を抽出しますが、汎用のNLPツールはこの分野特有の語彙や文書構造に対して一貫して機能不全に陥ります。

学業と並行して、Complétudeで数学・物理化学の家庭教師をしており、ソルボンヌ大学の生物医学AI分野でのCIFRE産学連携博士課程への出願準備を進めています。

長期的には、乱雑でリスクの高いテキストから信頼できる構造を引き出すという同じ規律が、AMI LabsやAnthropic Fellowsプログラムを通じたworld modelの構築・評価というAI安全性研究への関心につながっています。(この文章は下書きです。最終的な表現に置き換えてください。)

Clément Longeac
所属
ESIEE Paris
専攻
データサイエンス・AI(DSIA)
コース
Tremplin Recherche
次のステップ
生物医学AI博士号 — ソルボンヌ大学
言語
FR · EN · JP · ES

DEMNE

フランス語の腫瘍学臨床テキスト向けハイブリッド固有表現抽出パイプライン。

段階的アプローチがもたらすもの

0.0%

of mentions routed to rules (unseen AP-HP cohort, 411/413)

0.000

rule F1 vs 0.358 for a fine-tuned DrBERT

0.000

leave-one-corpus-out routing concordance

Determination of Extraction Methods for Named Entities

臨床NER · フランス語腫瘍学コーパス

既製のNERモデルはフランス語の臨床テキストで大きくつまずきます:密度の高い略語、病院システムごとに一貫しないフォーマット、一般的な学習データにはほとんど現れない生体マーカーの専門用語などです。DEMNEは単一モデルではなく段階的なパイプラインでこれに対処します——各段階は得意な処理を担い、必要な場合のみより重いモデルへエスカレーションします。

システムはDrBERT-7GBを3つの異なるフランス語腫瘍学コーパスでファインチューニングし、治療関連レポートで使用される7種類の優先的な生体マーカー実体タイプを対象としています。

臨床NLPTransformerDrBERT-7GBフランス語腫瘍学
01

ルールベース処理

正規表現と辞書によるマッチングで、日付・投与量・標準的な生体マーカー略語など、信頼度が高く曖昧性の低い実体を低コストで捕捉します。

02

Transformerによる抽出

3つの腫瘍学コーパスでファインチューニングされたDrBERT-7GBが、真の意味理解とドメイン理解を要する実体を処理します。

03

LLMによる裁定

残った競合やエッジケースは、出力前の最終的な曖昧性解消のためLLM処理へ回されます。

規制対応 — EU AI Act

患者記録に対する臨床実体抽出は、EU AI Actの高リスクカテゴリに明確に該当します。DEMNEの段階的設計は、後付けではなく最初から第12条と第14条を念頭に置いています。

第12条 — 記録保持

すべての抽出決定は、それを生成した段階(ルール、Transformer、またはLLM)と信頼度スコアまでトレース可能で、自動的な監査ログ記録が可能です。

第14条 — 人間による監督

LLMによる裁定結果は黙って受け入れられるのではなく、臨床医によるレビュー対象としてフラグ付けされ、曖昧なケースでは人間が判断に関与し続けます。

これまでの活動の場

2026年5月 – 7月

研究インターン、臨床データウェアハウス

AP-HP (Assistance Publique – Hôpitaux de Paris)

病院データ上で DEMNE のルーティング手法を適用・検証:フランス語臨床レポートから腫瘍学バイオマーカー(ER, PR, HER2, Ki67, FISH)を抽出し、監査可能で実運用に即した臨床パスを定義しました。

Clinical NLPEDS-NLPBRAT / CoNLLPythonDrBERT
2025年10月 – 2026年5月

学生研究員、Tremplin Recherche

ESIEE Paris · LBA (Aix-Marseille) · AP-HP

フランス語腫瘍学テキスト向けのハイブリッド臨床 NER パイプライン(ルール / transformer / LLM)である DEMNE を設計。5 つの形式化されたコーパス指標に基づき、博士課程出願に向けた Tremplin Recherche の中核プロジェクトです。

PythonHugging FaceDrBERTpycrfsuiteeco2aiBRAT / CoNLLOptuna
2026年 – 現在進行中

プロダクトリード兼開発者、NeuroStep

Junior Entreprise ESIEE Paris

脳損傷の患者と作業療法士が認知補償ツールを体系的に比較できるプラットフォームを構築。SN@SU ハッカソンでの Python/Streamlit プロトタイプとして始まりました(Sorbonne Université、UEROS L’ADAPT Île-de-France の作業療法士 Flor Sanchez-Luizard と協働)。現在、HDS/GDPR 準拠のホスティングと臨床ツールマッチング用のセマンティック検索エンジンを備えた本番再構築(FastAPI, PostgreSQL, Next.js)を検討中です。

PythonStreamlitFastAPIPostgreSQLNext.js
2024年 – 2027年

工学系学生 — データサイエンス & AI

ESIEE Paris

ESIEE Paris の 5 年制工学課程の 5 年次生で、データサイエンス & AI(DSIA)を専攻。

Machine LearningDeep LearningData ScienceC / C++
2025年

エンジニアインターン、GRADES 部門

Synchrotron SOLEIL

AMD GPU の互換性(pyopencl, nabu, ufo-filters, pyvkfft)を確認するため OpenCL で autopkgtest を開発し、GitLab Salsa 上の Debian/ROCm 基盤で実行。

OpenCLPythonBashDebianGitLab CIROCm
2022年 – 現在

理数系の家庭教師

Complétude

工学の学業と並行して、小学生から高校最終学年までの約 10 名に数学と物理・化学を指導。

MathematicsPhysicsPedagogy

技術スタック

上記の研究との関連性でグループ分けしたツール——一般的な羅列ではない。

臨床NLP・生物医学AI

DrBERT-7GB · CamemBERT · spaCy · HuggingFace Transformers
Regex/lexicon design · Optuna (NSGA-II) · BRAT / CoNLL
Clinical text preprocessing · Domain adaptation

システム・インフラ

Python · FastAPI · PostgreSQL · Docker · Kubernetes
Linux · Debian · GitLab CI · GitHub Actions
OpenCL · pyopencl · ROCm · CUDA (basic)

研究ツール

PyTorch · LaTeX/Overleaf · TikZ · Zotero
Jupyter · pandas · NumPy · matplotlib

言語

🇫🇷 母語 · 🇬🇧 C1 · 🇯🇵 中級 · 🇪🇸 B2 · 🇮🇹 学習中

研究の焦点

I

臨床固有表現抽出

非構造化のフランス語腫瘍学テキストからバイオマーカー、病期、治療データを抽出する——汎用NLPが破綻し、ドメイン適応が始まる領域。

II

倹約的で解釈可能なAI

性能基準を満たす範囲で最も透明性の高い層へルーティングするシステムを設計する。EU AI法への準拠を後付けではなく設計上の制約として扱う。

III

マルチモーダル生物医学推論

長期的な方向性:臨床テキスト、画像、ゲノミクスを統合し、モダリティを横断して推論するモデルを構築する。world modelsのアプローチを医学に応用する。

IV

複雑系の教育法

Complétudeで約10名の生徒に数学と物理化学を指導(小学校から高校最終学年まで、高等教育は対象外)。密度の高い概念を学べる形にすることは、片手間の仕事ではなく研究スキルである。

臨床NLP、生物医学AI、または博士課程での共同研究についてお話ししましょう。

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