ESIEE Paris · Cerco un tirocinio di ricerca di 6 mesi · NLP clinico e IA biomedica · da feb. 2027

Estraggo biomarcatori da testo clinico senza svegliare la GPU

Sono Clément Longeac. Sviluppo DEMNE, un framework di routing che sceglie, per ogni tipo di entità, il metodo più leggero che resti affidabile: regole, un transformer o un LLM. Su una coorte AP-HP mai vista, instrada il 99,5 % delle menzioni verso regole auditabili con un F1 di 0,941, là dove un transformer affinato arriva a 0,358.

DEMNE routing decision graph: entity metrics route to RULES, TBM or LLM
DEMNE — Rules → Transformer → LLM, schema dal vivo

Dal ripetizioni di matematica alla modellazione di biomarcatori tumorali

Sono uno studente del quarto anno a ESIEE Paris, specializzazione Data Science & IA, iscritto al percorso Tremplin Recherche della scuola — un programma pensato per studenti orientati verso il dottorato piuttosto che verso uno stage aziendale standard.

Il mio lavoro consiste nel rendere utilizzabile il testo clinico non strutturato: estrarre biomarcatori, informazioni di stadiazione e dettagli di trattamento sepolti nei referti di oncologia francesi, dove gli strumenti NLP generici falliscono sistematicamente di fronte al vocabolario e alla struttura documentale del dominio.

Parallelamente agli studi, insegno matematica e fisica-chimica tramite Complétude, e sto preparando candidature per un dottorato industriale CIFRE in IA biomedica alla Sorbona.

Nel lungo periodo, la stessa disciplina — estrarre una struttura affidabile da un testo disordinato e ad alto rischio — è ciò che mi attira verso la ricerca sulla sicurezza dell'IA: costruire e valutare world model tramite AMI Labs e l'Anthropic Fellows Program. (Frase provvisoria — sostituiscila con la tua formulazione definitiva.)

Clément Longeac
Istituzione
ESIEE Paris
Programma
Data Science & IA (DSIA)
Percorso
Tremplin Recherche
Prossimo passo
Dottorato, IA biomedica — Sorbona
Lingue
FR · EN · JP · ES

DEMNE

Una pipeline ibrida di riconoscimento di entità nominate per il testo clinico oncologico francese.

Cosa porta l'approccio a stadi

0.0%

delle menzioni instradate alle regole (coorte AP-HP mai vista, 411/413)

0.000

F1 delle regole contro 0,358 di un DrBERT affinato

0.000

concordanza di instradamento leave-one-corpus-out

Determination of Extraction Methods for Named Entities

NER clinico · corpus di oncologia francesi

I modelli NER generici falliscono nettamente sul testo clinico francese: abbreviazioni dense, formattazione incoerente tra i sistemi ospedalieri e una terminologia di biomarcatori quasi assente dai dati di addestramento generali. DEMNE affronta il problema con una pipeline a stadi anziché un modello unico — ogni stadio gestisce ciò che sa fare meglio, ed escalation verso un modello più pesante solo quando necessario.

Il sistema è affinato su DrBERT-7GB attraverso tre distinti corpus di oncologia francesi, e si concentra su sette tipi di entità biomarcatrici prioritarie usate nei referti rilevanti per il trattamento.

NLP clinicoTransformersDrBERT-7GBOncologia francese
01

Passaggio basato su regole

Il pattern matching (regex, lessici) cattura a basso costo le entità ad alta confidenza e bassa ambiguità — date, dosaggi, abbreviazioni standard di biomarcatori.

02

Estrazione tramite transformer

DrBERT-7GB, affinato su tre corpus di oncologia, gestisce le entità che richiedono una reale comprensione semantica e di dominio.

03

Arbitraggio tramite LLM

I conflitti residui e i casi limite vengono instradati a un passaggio LLM per la disambiguazione finale prima dell'output.

Allineamento normativo — EU AI Act

L'estrazione di entità cliniche dai fascicoli dei pazienti rientra pienamente nella categoria ad alto rischio dell'EU AI Act. Il design a stadi di DEMNE tiene conto degli articoli 12 e 14 fin dall'inizio, non come aggiunta successiva.

Art. 12 — Conservazione dei registri

Ogni decisione di estrazione è tracciabile fino allo stadio (regole, transformer o LLM) e al punteggio di confidenza che l'ha prodotta, consentendo una registrazione automatica per l'audit.

Art. 14 — Supervisione umana

Gli output dell'arbitraggio LLM vengono segnalati per la revisione clinica anziché accettati silenziosamente, mantenendo un essere umano nel ciclo sui casi ambigui.

Dove si è svolto il lavoro finora

Mag – lug 2026

Tirocinante di ricerca, Data Warehouse clinico

AP-HP (Assistance Publique – Hôpitaux de Paris)

Ho applicato e validato l’approccio di instradamento di DEMNE su dati ospedalieri: estrazione di biomarcatori oncologici (ER, PR, HER2, Ki67, FISH) da referti clinici francesi e definizione di un percorso clinico auditabile e realistico per il deployment.

Clinical NLPEDS-NLPBRAT / CoNLLPythonDrBERT
Ott 2025 – mag 2026

Studente ricercatore, Tremplin Recherche

ESIEE Paris · LBA (Aix-Marseille) · AP-HP

Ho progettato DEMNE, una pipeline ibrida di NER clinico (regole / transformer / LLM) per testi oncologici francesi, guidata da cinque metriche di corpus formalizzate — il progetto centrale del percorso Tremplin Recherche in vista delle candidature al dottorato.

PythonHugging FaceDrBERTpycrfsuiteeco2aiBRAT / CoNLLOptuna
2026 – PresenteIn corso

Product Lead e sviluppatore, NeuroStep

Junior Entreprise ESIEE Paris

Costruzione di una piattaforma che offre a pazienti con lesioni cerebrali e terapisti occupazionali un modo strutturato per confrontare strumenti di compensazione cognitiva. Nata come prototipo Python/Streamlit all’hackathon SN@SU (Sorbonne Université, con Flor Sanchez-Luizard, terapista occupazionale presso UEROS L’ADAPT Île-de-France); ora si definisce una ricostruzione di produzione (FastAPI, PostgreSQL, Next.js) con hosting conforme a HDS/GDPR e un motore di ricerca semantica per l’abbinamento degli strumenti clinici.

PythonStreamlitFastAPIPostgreSQLNext.js
2024 – 2027

Studente di ingegneria — Data Science e IA

ESIEE Paris

Studente del quinto anno del programma di ingegneria quinquennale dell’ESIEE Paris, specializzazione Data Science e IA (DSIA).

Machine LearningDeep LearningData ScienceC / C++
2025

Tirocinante ingegnere, divisione GRADES

Synchrotron SOLEIL

Sviluppo di autopkgtest con OpenCL per la compatibilità delle GPU AMD (pyopencl, nabu, ufo-filters, pyvkfft) sull’infrastruttura Debian/ROCm su GitLab Salsa.

OpenCLPythonBashDebianGitLab CIROCm
2022 – Presente

Tutor di materie STEM

Complétude

Lezioni di matematica e fisica-chimica a una decina di studenti, dalla primaria all’ultimo anno delle superiori, in parallelo agli studi di ingegneria.

MathematicsPhysicsPedagogy

Stack tecnico

Strumenti raggruppati in base alla loro rilevanza per il lavoro sopra descritto — non un elenco generico.

NLP clinico e IA biomedica

DrBERT-7GB · CamemBERT · spaCy · HuggingFace Transformers
Regex/lexicon design · Optuna (NSGA-II) · BRAT / CoNLL
Clinical text preprocessing · Domain adaptation

Sistemi e infrastruttura

Python · FastAPI · PostgreSQL · Docker · Kubernetes
Linux · Debian · GitLab CI · GitHub Actions
OpenCL · pyopencl · ROCm · CUDA (basic)

Strumenti di ricerca

PyTorch · LaTeX/Overleaf · TikZ · Zotero
Jupyter · pandas · NumPy · matplotlib

Lingue

🇫🇷 Madrelingua · 🇬🇧 C1 · 🇯🇵 Intermedio · 🇪🇸 B2 · 🇮🇹 In corso

Aree di interesse

I

Riconoscimento di entità nominate cliniche

Estrazione di biomarcatori, stadiazione e dati di trattamento da testi oncologici francesi non strutturati. Dove il NLP generico fallisce e inizia l'adattamento al dominio.

II

IA frugale e interpretabile

Progettare sistemi che ricorrono al livello meno opaco in grado di soddisfare le soglie di prestazione. La conformità all'AI Act europeo come vincolo di progettazione, non come ripensamento.

III

Ragionamento biomedico multimodale

Direzione a lungo termine: unificare testo clinico, imaging e genomica in modelli capaci di ragionare tra le modalità. L'approccio dei world model applicato alla medicina.

IV

Didattica dei sistemi complessi

Insegnamento di matematica e fisica-chimica a una decina di studenti presso Complétude, dalle elementari fino all'ultimo anno delle superiori. Rendere apprendibili concetti densi è una competenza di ricerca, non un'attività secondaria.

Parliamo di NLP clinico, IA biomedica, o di una collaborazione dottorale.

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