ESIEE Paris · Suche ein 6-monatiges Forschungspraktikum · Klinische NLP & biomedizinische KI · ab Feb. 2027

Biomarker aus klinischem Text extrahieren ohne die GPU zu wecken

Ich bin Clément Longeac. Ich entwickle DEMNE, ein Routing-Framework, das pro Entitätstyp die leichteste Methode wählt, die zuverlässig bleibt — Regeln, einen Transformer oder ein LLM. Auf einer ungesehenen AP-HP-Kohorte leitet es 99,5 % der Erwähnungen an auditierbare Regeln mit einem F1 von 0,941, wo ein feinabgestimmter Transformer nur 0,358 erreicht.

DEMNE routing decision graph: entity metrics route to RULES, TBM or LLM
DEMNE — Rules → Transformer → LLM, Live-Schema

Von Mathe-Nachhilfe zur Modellierung von Tumormarkern

Ich bin Student im vierten Jahr an der ESIEE Paris, Schwerpunkt Data Science & KI, eingeschrieben im Tremplin-Recherche-Programm der Schule — einem Programm für Studierende, die eine Promotion anstreben statt eines klassischen Industriepraktikums.

Meine Arbeit dreht sich darum, unstrukturierten klinischen Text für die Forschung nutzbar zu machen: Extraktion von Biomarkern, Staging-Informationen und Behandlungsdetails aus französischen Onkologieberichten, wo generische NLP-Tools an domänenspezifischem Vokabular und Dokumentstruktur systematisch scheitern.

Neben dem Studium unterrichte ich Mathematik und Physik-Chemie bei Complétude und bereite Bewerbungen für eine CIFRE-Industriepromotion in biomedizinischer KI an der Sorbonne-Universität vor.

Langfristig ist es genau diese Disziplin — verlässliche Struktur aus unordentlichem, hochriskantem Text zu ziehen —, die mich zur KI-Sicherheitsforschung zieht: den Aufbau und die Evaluierung von World Models über AMI Labs und das Anthropic Fellows Program. (Entwurfszeile — durch deine endgültige Formulierung ersetzen.)

Clément Longeac
Institution
ESIEE Paris
Programm
Data Science & KI (DSIA)
Schwerpunkt
Tremplin Recherche
Nächster Schritt
Promotion, biomedizinische KI — Sorbonne
Sprachen
FR · EN · JP · ES

DEMNE

Eine hybride Named-Entity-Recognition-Pipeline für französischen onkologischen klinischen Text.

Was der gestufte Ansatz bringt

0.0%

der Erwähnungen an Regeln geroutet (ungesehene AP-HP-Kohorte, 411/413)

0.000

Regel-F1 vs. 0,358 für ein feinabgestimmtes DrBERT

0.000

Routing-Konkordanz (leave-one-corpus-out)

Determination of Extraction Methods for Named Entities

Klinisches NER · französische Onkologie-Korpora

Standard-NER-Modelle scheitern deutlich an französischem klinischem Text: dichte Abkürzungen, uneinheitliche Formatierung zwischen Krankenhaussystemen und Biomarker-Terminologie, die in allgemeinen Trainingsdaten kaum vorkommt. DEMNE begegnet dem mit einer gestuften Pipeline statt einem einzelnen Modell — jede Stufe übernimmt, was sie am besten kann, und eskaliert nur bei Bedarf zu einem schwereren Modell.

Das System ist auf DrBERT-7GB über drei verschiedene französische Onkologie-Korpora feinabgestimmt und zielt auf sieben prioritäre Biomarker-Entitätstypen ab, die in behandlungsrelevanten Berichten verwendet werden.

Klinisches NLPTransformersDrBERT-7GBFranzösische Onkologie
01

Regelbasierter Durchlauf

Regex- und Lexikon-Abgleich erfasst kostengünstig hochsichere, eindeutige Entitäten — Daten, Dosierungen, Standard-Biomarker-Abkürzungen.

02

Transformer-Extraktion

DrBERT-7GB, feinabgestimmt über drei Onkologie-Korpora, übernimmt die Entitäten, die echtes semantisches und Domänenverständnis erfordern.

03

LLM-Arbitrierung

Verbleibende Konflikte und Grenzfälle werden vor der Ausgabe zur endgültigen Disambiguierung an einen LLM-Durchlauf weitergeleitet.

Regulatorische Ausrichtung — EU AI Act

Die klinische Entitätsextraktion aus Patientenakten fällt eindeutig in die Hochrisikokategorie des EU AI Act. Das gestufte Design von DEMNE berücksichtigt Artikel 12 und 14 von Anfang an, nicht nachträglich.

Art. 12 — Aufzeichnungspflichten

Jede Extraktionsentscheidung ist bis zur Stufe (Regeln, Transformer oder LLM) und dem Konfidenzwert zurückverfolgbar, was eine automatische Audit-Protokollierung ermöglicht.

Art. 14 — Menschliche Aufsicht

Ausgaben der LLM-Arbitrierung werden zur klinischen Überprüfung markiert statt stillschweigend akzeptiert, sodass bei mehrdeutigen Fällen ein Mensch eingebunden bleibt.

Wo die Arbeit bisher stattgefunden hat

Mai – Jul. 2026

Forschungspraktikant, klinisches Data Warehouse

AP-HP (Assistance Publique – Hôpitaux de Paris)

Anwendung und Validierung des DEMNE-Routing-Ansatzes auf Krankenhausdaten: Extraktion onkologischer Biomarker (ER, PR, HER2, Ki67, FISH) aus französischen klinischen Berichten und Definition eines auditierbaren, einsatznahen klinischen Pfads.

Clinical NLPEDS-NLPBRAT / CoNLLPythonDrBERT
Okt. 2025 – Mai 2026

Studentischer Forscher, Tremplin Recherche

ESIEE Paris · LBA (Aix-Marseille) · AP-HP

Entwurf von DEMNE, einer hybriden klinischen NER-Pipeline (Regeln / Transformer / LLM) für französische onkologische Texte, gesteuert durch fünf formalisierte Korpusmetriken — das Kernprojekt des Tremplin-Recherche-Tracks im Vorfeld der Promotionsbewerbungen.

PythonHugging FaceDrBERTpycrfsuiteeco2aiBRAT / CoNLLOptuna
2026 – HeuteLaufend

Product Lead & Entwickler, NeuroStep

Junior Entreprise ESIEE Paris

Aufbau einer Plattform, die Hirnverletzten und Ergotherapeuten einen strukturierten Vergleich kognitiver Kompensationswerkzeuge ermöglicht. Begann als Python/Streamlit-Prototyp beim SN@SU-Hackathon (Sorbonne Université, mit Flor Sanchez-Luizard, Ergotherapeutin bei UEROS L’ADAPT Île-de-France); derzeit wird ein Produktions-Neuaufbau (FastAPI, PostgreSQL, Next.js) mit HDS/DSGVO-konformem Hosting und einer semantischen Suchmaschine für das Matching klinischer Werkzeuge abgesteckt.

PythonStreamlitFastAPIPostgreSQLNext.js
2024 – 2027

Ingenieurstudent — Data Science & KI

ESIEE Paris

Student im fünften Jahr des fünfjährigen Ingenieurstudiums der ESIEE Paris, Spezialisierung Data Science & KI (DSIA).

Machine LearningDeep LearningData ScienceC / C++
2025

Ingenieurpraktikant, Abteilung GRADES

Synchrotron SOLEIL

Entwicklung von autopkgtests mit OpenCL für die AMD-GPU-Kompatibilität (pyopencl, nabu, ufo-filters, pyvkfft) über die Debian/ROCm-Infrastruktur auf GitLab Salsa.

OpenCLPythonBashDebianGitLab CIROCm
2022 – Heute

Nachhilfelehrer (MINT)

Complétude

Unterricht in Mathematik und Physik-Chemie für rund zehn Schüler, von der Grundschule bis zur Abschlussklasse, parallel zum Ingenieurstudium.

MathematicsPhysicsPedagogy

Technischer Stack

Werkzeuge gruppiert nach ihrer Relevanz für die obige Arbeit — keine generische Liste.

Klinisches NLP & biomedizinische KI

DrBERT-7GB · CamemBERT · spaCy · HuggingFace Transformers
Regex/lexicon design · Optuna (NSGA-II) · BRAT / CoNLL
Clinical text preprocessing · Domain adaptation

Systeme & Infrastruktur

Python · FastAPI · PostgreSQL · Docker · Kubernetes
Linux · Debian · GitLab CI · GitHub Actions
OpenCL · pyopencl · ROCm · CUDA (basic)

Forschungswerkzeuge

PyTorch · LaTeX/Overleaf · TikZ · Zotero
Jupyter · pandas · NumPy · matplotlib

Sprachen

🇫🇷 Muttersprache · 🇬🇧 C1 · 🇯🇵 Mittelstufe · 🇪🇸 B2 · 🇮🇹 Im Aufbau

Schwerpunkte

I

Klinische Named Entity Recognition

Extraktion von Biomarkern, Staging- und Behandlungsdaten aus unstrukturierten französischen Onkologietexten. Dort, wo allgemeines NLP versagt und Domänenanpassung beginnt.

II

Frugale & interpretierbare KI

Entwicklung von Systemen, die auf die am wenigsten intransparente Stufe zurückgreifen, die die Leistungsschwellen erfüllt. Die Einhaltung des EU AI Act als Designvorgabe, nicht als nachträglicher Gedanke.

III

Multimodales biomedizinisches Reasoning

Langfristige Richtung: klinischen Text, Bildgebung und Genomik in Modellen vereinen, die über Modalitäten hinweg schlussfolgern. Der World-Models-Ansatz, angewandt auf die Medizin.

IV

Didaktik komplexer Systeme

Unterricht in Mathematik und Physik-Chemie für etwa zehn Schüler bei Complétude, von der Grundschule bis zum Abitur. Dichte Konzepte lernbar zu machen ist eine Forschungsfähigkeit, kein Nebenjob.

Lass uns über klinisches NLP, biomedizinische KI oder eine Promotionskooperation sprechen.

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