ESIEE Paris · Шукаю 6-місячне дослідницьке стажування · Клінічний NLP та біомедичний ШІ · з лют. 2027

Видобуваю біомаркери з клінічного тексту не пробуджуючи GPU

Я Clément Longeac. Я створюю DEMNE — фреймворк маршрутизації, який для кожного типу сутності обирає найлегший метод, що лишається надійним: правила, трансформер або LLM. На раніше не баченій когорті AP-HP він спрямовує 99,5 % згадок до аудитованих правил з F1 0,941, тоді як донавчений трансформер досягає лише 0,358.

DEMNE routing decision graph: entity metrics route to RULES, TBM or LLM
DEMNE — Rules → Transformer → LLM, схема в реальному часі

Від репетиторства з математики до моделювання пухлинних маркерів

Я студент четвертого курсу ESIEE Paris, спеціалізація Data Science & AI, навчаюся за програмою Tremplin Recherche школи — програмою для студентів, орієнтованих на докторантуру, а не на стандартне стажування в індустрії.

Моя робота зосереджена на тому, щоб зробити неструктурований клінічний текст придатним для досліджень: вилучення біомаркерів, інформації про стадіювання та деталей лікування, прихованих у французьких онкологічних звітах, де універсальні інструменти NLP систематично зазнають невдачі через специфічну лексику та структуру документів.

Паралельно з навчанням я викладаю математику та фізику-хімію через Complétude, а також готую заявки на промислову докторантуру CIFRE з біомедичного ШІ в Сорбонському університеті.

У довгостроковій перспективі саме ця дисципліна — здобування надійної структури з хаотичного, високоризикового тексту — приваблює мене до досліджень безпеки ШІ: побудови та оцінки world model через AMI Labs та програму Anthropic Fellows. (Це чорновий рядок — замініть на власне остаточне формулювання.)

Clément Longeac
Навчальний заклад
ESIEE Paris
Програма
Data Science & AI (DSIA)
Трек
Tremplin Recherche
Наступний крок
Докторантура, біомедичний ШІ — Сорбонна
Мови
FR · EN · JP · ES

DEMNE

Гібридний конвеєр розпізнавання іменованих сутностей для французького онкологічного клінічного тексту.

Що дає поетапний підхід

0.0%

of mentions routed to rules (unseen AP-HP cohort, 411/413)

0.000

rule F1 vs 0.358 for a fine-tuned DrBERT

0.000

leave-one-corpus-out routing concordance

Determination of Extraction Methods for Named Entities

Клінічний NER · французькі онкологічні корпуси

Готові моделі NER суттєво програють на французькому клінічному тексті: щільні скорочення, неузгоджене форматування між лікарняними системами та термінологія біомаркерів, яка майже не трапляється в загальних навчальних даних. DEMNE вирішує це за допомогою поетапного конвеєра замість єдиної моделі — кожен етап робить те, що вміє найкраще, і переходить до важчої моделі лише за потреби.

Систему донавчено на DrBERT-7GB на трьох різних французьких онкологічних корпусах, і вона орієнтована на сім пріоритетних типів сутностей-біомаркерів, які використовуються у звітності, релевантній для лікування.

Клінічний NLPТрансформериDrBERT-7GBФранцузька онкологія
01

Етап на основі правил

Зіставлення за регулярними виразами та словниками недорого вловлює сутності з високою впевненістю та низькою неоднозначністю — дати, дозування, стандартні скорочення біомаркерів.

02

Вилучення за допомогою трансформера

DrBERT-7GB, донавчений на трьох онкологічних корпусах, обробляє сутності, що потребують справжнього семантичного та предметного розуміння.

03

Арбітраж LLM

Залишкові конфлікти та граничні випадки направляються на етап LLM для остаточного усунення неоднозначності перед виводом.

Регуляторна відповідність — EU AI Act

Вилучення клінічних сутностей з медичних записів пацієнтів однозначно потрапляє до категорії високого ризику EU AI Act. Поетапна архітектура DEMNE враховує статті 12 та 14 з самого початку, а не додає їх заднім числом.

Ст. 12 — Ведення записів

Кожне рішення про вилучення можна простежити до етапу (правила, трансформер або LLM) та оцінки впевненості, яка його породила, що дає змогу автоматично вести журнал аудиту.

Ст. 14 — Людський нагляд

Результати арбітражу LLM позначаються для перевірки клініцистом, а не приймаються мовчки, що зберігає участь людини у неоднозначних випадках.

Де досі відбувалася робота

Трав. – лип. 2026

Стажер-дослідник, клінічне сховище даних

AP-HP (Assistance Publique – Hôpitaux de Paris)

Застосував і валідував підхід маршрутизації DEMNE на лікарняних даних: вилучення онкологічних біомаркерів (ER, PR, HER2, Ki67, FISH) із французьких клінічних звітів і визначення аудитованого, реалістичного для впровадження клінічного шляху.

Clinical NLPEDS-NLPBRAT / CoNLLPythonDrBERT
Жовт. 2025 – трав. 2026

Студент-дослідник, Tremplin Recherche

ESIEE Paris · LBA (Aix-Marseille) · AP-HP

Спроєктував DEMNE — гібридний клінічний NER-конвеєр (правила / transformer / LLM) для французьких онкологічних текстів, керований п’ятьма формалізованими метриками корпусів; ключовий проєкт треку Tremplin Recherche перед подачею на PhD.

PythonHugging FaceDrBERTpycrfsuiteeco2aiBRAT / CoNLLOptuna
2026 – ДотеперТриває

Product Lead і розробник, NeuroStep

Junior Entreprise ESIEE Paris

Створення платформи, що дає пацієнтам із травмами мозку й ерготерапевтам структурований спосіб порівнювати інструменти когнітивної компенсації. Починалася як прототип на Python/Streamlit на хакатоні SN@SU (Sorbonne Université, разом із Flor Sanchez-Luizard, ерготерапевткою в UEROS L’ADAPT Île-de-France); зараз окреслюється продакшн-перебудова (FastAPI, PostgreSQL, Next.js) із хостингом, сумісним із HDS/GDPR, і семантичним пошуковим рушієм для добору клінічних інструментів.

PythonStreamlitFastAPIPostgreSQLNext.js
2024 – 2027

Студент-інженер — Data Science та ШІ

ESIEE Paris

Студент п’ятого курсу п’ятирічної інженерної програми ESIEE Paris, спеціалізація Data Science та ШІ (DSIA).

Machine LearningDeep LearningData ScienceC / C++
2025

Інженер-стажер, відділ GRADES

Synchrotron SOLEIL

Розробка autopkgtests на OpenCL для перевірки сумісності GPU AMD (pyopencl, nabu, ufo-filters, pyvkfft) в інфраструктурі Debian/ROCm на GitLab Salsa.

OpenCLPythonBashDebianGitLab CIROCm
2022 – Дотепер

Репетитор із точних наук

Complétude

Викладання математики та фізики-хімії приблизно десятьом учням, від початкової школи до випускного класу, паралельно з інженерним навчанням.

MathematicsPhysicsPedagogy

Вибрані проєкти

Окрім DEMNE — інструменти, створені від початку до кінця для хакатону та навчальних проєктів.

NeuroStep
Червень 2026 · Хакатон SN@SU

NeuroStep

Каталог цифрових інструментів когнітивної компенсації для людей із травмами мозку та їхніх ерготерапевтів.

PythonStreamlitFastAPIPostgreSQL
Learn more →
Air Quality Dashboard
Груд. 2025 · Командний проєкт

Air Quality Dashboard

Інтерактивна панель, що реконструює 15 років фонового забруднення повітря у Франції (2000–2015).

PythonSQLitePlotlyLeafletpandas
Learn more →
Face Recognition with Deep Learning
2025 · Навчальний проєкт

Face Recognition with Deep Learning

Розпізнавання облич на основі CNN на статичних зображеннях, а потім на відео, з аугментацією даних і вирівнюванням обличчя.

PythonTensorFlowCNNData augmentation
Learn more →
TBA — Text Adventure Game
2025 · Парний проєкт

TBA — Text Adventure Game

Текстова пригодницька гра для термінала на Python з об’єктно-орієнтованим дизайном.

PythonOOP
Learn more →
Marmiton Data Intelligence
Лют. 2025 · Командний проєкт

Marmiton Data Intelligence

Платформа аналітики кулінарних даних: скрапінг, ETL і панель за даними рецептів.

PythonScrapingETLJupyter
Learn more →
Debian ROCm CI
2025 · Synchrotron SOLEIL

Debian ROCm CI

Скрипти autopkgtest, що перевіряють наукове ПЗ на GPU AMD в CI-інфраструктурі Debian.

OpenCLROCmautopkgtestsbuildDebianGitLab Salsa
Learn more →

Технічний стек

Інструменти, згруповані за значущістю для роботи вище — не загальний перелік.

Клінічний NLP і біомедичний ШІ

DrBERT-7GB · CamemBERT · spaCy · HuggingFace Transformers
Regex/lexicon design · Optuna (NSGA-II) · BRAT / CoNLL
Clinical text preprocessing · Domain adaptation

Системи та інфраструктура

Python · FastAPI · PostgreSQL · Docker · Kubernetes
Linux · Debian · GitLab CI · GitHub Actions
OpenCL · pyopencl · ROCm · CUDA (basic)

Інструменти для досліджень

PyTorch · LaTeX/Overleaf · TikZ · Zotero
Jupyter · pandas · NumPy · matplotlib

Мови

🇫🇷 Рідна · 🇬🇧 C1 · 🇯🇵 Середній рівень · 🇪🇸 B2 · 🇮🇹 У процесі вивчення

Напрями роботи

I

Клінічне розпізнавання іменованих сутностей

Видобування біомаркерів, стадії та даних лікування з неструктурованих французьких онкологічних текстів — там, де загальний NLP дає збій і починається адаптація до домену.

II

Ощадливий та інтерпретовний ШІ

Проєктування систем, що спрямовують завдання до найменш непрозорого рівня, який відповідає порогам продуктивності. Відповідність Закону ЄС про ШІ як обмеження проєктування, а не запізніла думка.

III

Мультимодальне біомедичне міркування

Довгострокова мета: об'єднати клінічний текст, зображення та геноміку в моделях, що міркують між модальностями — підхід world models, застосований до медицини.

IV

Педагогіка складних систем

Викладання математики та фізики-хімії приблизно десятьом учням у Complétude — від початкової школи до випускного класу ліцею (без вищої освіти). Зробити щільні концепції доступними для розуміння — це дослідницька навичка, а не підробіток.

Поговорімо про клінічний NLP, біомедичний ШІ або співпрацю в межах докторантури.

Запланувати дзвінок →